Cominos Blue Lagoon befindet sich in einem flachen Kalksteinbecken zwischen zwei Kaps an der Westküste der Insel. Der sandige Boden ist durch das Wasser sichtbar, das das Licht in Cyan- und Kobalttönen bricht.
Die Lagune ist etwa 300 Meter breit, durch Klippen geschützt, die auf drei Seiten 40 Meter in die Höhe ragen, und wird von Mittelmeerströmungen gespeist, die das Becken zweimal täglich durchspülen. Es gibt keine Straßen auf Comino — die 3,5 Quadratkilometer große Insel ist bis auf ein einziges Hotel unbewohnt —, daher kommt jeder Besucher mit dem Boot von Malta oder Gozo, eine Überfahrt, die je nach Abfahrtsort 20 bis 30 Minuten dauert.
Die Klarheit der Lagune beruht auf ihrer Geologie. Globigerinenkalk, dasselbe Sedimentgestein, das Maltas Küstenplattformen bildet, löst sich langsam im Meerwasser auf und hinterlässt nur minimale Schwebstoffe. Seegraswiesen verankern den sandigen Boden und filtern Nährstoffe, wodurch eine Sichtweite von routinemäßig über 30 Metern aufrechterhalten wird. Die Wassertemperatur reicht von 15 °C im Februar bis 26 °C im August und ist sechs Monate im Jahr warm genug für ausgiebiges Schwimmen. Taucher bevorzugen den nördlichen Rand der Lagune, wo der Schelf auf 12 Meter abfällt und untergetauchte Höhlen freigibt, die während der letzten Eiszeit geformt wurden, als der Meeresspiegel 120 Meter niedriger lag.
Tickets für die Blue Lagoon in Malta beinhalten in der Regel den Bootstransport mit optionalen Stopps an der Crystal Lagoon – einer schmaleren Bucht 400 Meter südlich – und Meereshöhlen entlang der Nordküste Cominos, wo Erosion Bögen und Tunnel in die Klippen gewaschen hat. Die meisten Anbieter legen zwischen 08:00 und 10:00 Uhr ab, um sich vor der Sättigung am Mittag einen Liegeplatz zu sichern, wenn bis zu 40 Schiffe gleichzeitig vor Anker liegen. Das 2024 eingeführte offizielle Buchungssystem begrenzt die tägliche Besucherzahl, erhebt jedoch keine Eintrittsgebühr; die Registrierung dient lediglich dazu, die Kapazität zu verfolgen und Zeitfenster während der Hauptwochen im Juli und August zuzuweisen. Routen inklusive Gozo fügen eine zweite Insel hinzu und überqueren den 5 Kilometer breiten Comino-Kanal, um die Zitadelle in Victoria oder das Binnengewässer bei Dwejra zu besuchen, eine eingestürzte Kalksteinkuppel, die heute zum Mittelmeer hin offen ist. Diese ganztägigen Rundfahrten dauern normalerweise sieben bis acht Stunden, wobei zwei bis drei Stunden für die Lagune selbst reserviert sind. Die Bootstouren finden ganzjährig statt, obwohl die Fahrpläne im Winter weniger häufig sind und einige Anbieter den Betrieb zwischen Dezember und Februar einstellen, wenn die Dünung einen Meter übersteigt.
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