Die Blue Lagoon von Comino verdankt ihre kristalline Transparenz einem Meeresboden aus weißem Sand und pulverisiertem Kalkstein, der vier bis sechs Meter unter der Oberfläche liegt.
Das flache Becken der Lagune befindet sich zwischen der Südküste von Comino und dem felsigen Umriss von Cominotto, einer geologischen Formation, die das Wasser vor offenen Meeresströmungen schützt und an ruhigen Tagen eine Sichtweite von über zwanzig Metern aufrechterhält. Der leuchtend türkisfarbene Farbton entsteht durch Lichtbrechung durch Calciumcarbonatpartikel, die im Meerwasser mit minimalen organischen Stoffen schweben – eine Bedingung, die im Mittelmeerraum selten ist.
Der Zugang mit Privatbooten zur Blue Lagoon besteht seit der Ausweisung der Insel als Naturschutzgebiet im Jahr 1988. Charteranbieter fahren zwischen 08:00 und 10:00 Uhr von Ċirkewwa, Mellieħa Bay und Sliema ab und durchqueren den fünf Kilometer breiten Kanal, der Malta von Comino trennt. Die Lagune bietet gemäß den aktuellen Ankerplatzregulierungen Platz für weniger als dreißig Schiffe gleichzeitig, und vorgebuchte Charter sichern sich ausgewiesene Ankerzonen, die öffentliche Fähren nicht erreichen können. Die Kalksteinklippen, die die Lagune säumen, verbergen ein Netzwerk von Meereshöhlen, die nur mit kleinen Wasserfahrzeugen zugänglich sind, darunter das Santa-Marija-Höhlensystem an der Westseite von Comino und die Cathedral Cave unterhalb des nördlichen Vorgebirges von Cominotto.
Die Geschichte der Insel als strategischer Ausguck während der Zeit der Ritter hinterließ einen einzelnen Wachturm auf dem Gipfel von Comino, der 1618 errichtet wurde, um die Bewegungen sizilianischer Korsaren zu überwachen. Heute dient der Turm als Navigationsmarke für Schiffe, die sich der Lagune aus nordwestlicher Richtung nähern. Die umliegende Landschaft beherbergt wilden Thymian, Trichternarzissen und eine kleine Population maltesischer Mauereidechsen – Arten, die in der Abwesenheit einer dauerhaften menschlichen Besiedlung auf der Insel gedeihen. Private Bootstouren zur Blue Lagoon auf Malta operieren unter strengen Umweltprotokollen von Transport Malta, die den Motorleerlauf innerhalb der Schutzzone einschränken und das Ankern auf Posidonia-Wiesen, die den östlichen Rand der Lagune säumen, verbieten. Die Klarheit des Meeresbodens offenbart Mittelmeer-Papageienfische, Mönchsfische und gelegentliche Kraken, die unter Kalksteinfelsen Schutz suchen – ein Meeresleben, das außerhalb des Mittagsfensters, in dem der Fährverkehr seinen Höhepunkt erreicht, ungestört bleibt.
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